Los orígenes de Santa Juana se remontan a la ferrea lucha de los mapuches en su resistencia a la colonización española. Por ese motivo el 8 de marzo de 1626, es construido el Fuerte de Santa Juana de Guadalcázar por orden del gobernador español don Luis Fernández de Córdoba, como fortaleza de avanzada, con la finalidad de resguardar la línea de frontera y mantener expedita las comunicaciones entre Concepción y la zona sur. Santa Juana de Guadalcázar fue avasallado y su caserío destruido e incendiado varias veces por los aborígenes.

En 1739, por orden del gobernador don José Manso de Velasco se lo convirtió en plaza fuerte; se lo dotó de una buena guarnición, se reconstruyeron las instalaciones, se abrió un foso profundo entre el río Bío-Bío y la laguna situada a sus espaldas y bajo esta protección se asentó un caserío que fue adquiriendo con el tiempo características de poblado, hasta que el 13 de enero de 1891 fue creada la comuna de Santa Juana.

El Fuerte Histórico fue declarado Monumento Nacional por Decreto Supremo N° 803 de fecha 26 de octubre de 1977.