Erigido el 8 de marzo de 1626 con la finalidad de resguardar la línea de frontera y mantener expedita las comunicaciones entre Concepción, la Isla de la Laja y la zona sur del país, sufrió , desde un comienzo, las consecuencias de la Guerra de Arauco. A su amparo se asentó un caserío que fue adquiriendo con el tiempo características de poblado.
Fue reparado en 1648, destruido por los indios en 1722 y reconstruido más tarde para servir de base a la población de Santa Juana a partir de 1739. En esta época se mejoró y apertrechó la fortaleza: se abrió un foso profundo entre el río y una pequeña laguna situada a sus espaldas, conviniendo el recinto en una isla.
En 1765 se le confirió el título de Villa y en ese estado se encuentra en los albores de la República.
En 1819, la tomaron por asalto las guerrillas realistas que operaban en la región durante la denominada “Guerra a Muerte”, y luego de permanecer éstas allí durante dos años, la incendiaron. Durante dicho período fue cuartel general del montonero Vicente Benavides.
Los hechos de guerra, particularmente de esta última época, las condiciones climáticas y los movimientos sísmicos, como el gran terremoto de 1835 y otros posteriores, incluyendo los de 1939 y 1960, fueron deteriorando el Fuerte; asimismo, la población del lugar contribuyó con lo suyo, al utilizar sus murallas como material constructivo.
En 1980 pocos eran los restos visibles del baluarte, cubierto casi enteramente de tierra y que alzándose como promontorio, sirve de mirador a quienes visitan esta comuna de 14.000 habitantes (en aquel entonces).
Como una forma de reencontrarse con la historia, fomentar y promover la cultura y la actividad turística, la I. Municipalidad de Santa Juana se avocó a restaurar este Fuerte.
El Fuerte de Santa Juana de Guadalcázar fue declarado monumento nacional por Decreto Supremo N° 803 de fecha 26 de Octubre de 1987.