Históricamente, los orígenes de Santa Juana se encuentran enmarcados en la resistencia araucana a la colonización española al estar emplazada en el valle de Catirai. Don Luis Fernández de Córdoba y Arce la fundó el 8 de marzo de 1626 con el nombre de Santa Juana de Guadalcázar.
El Valle del Catirai, donde se ubica Santa Juana de Guadalcázar, es lugar de historia y de leyendas. De historia, porque importantes hechos de armas se desarrollaron allí desde los albores de la conquista; de leyendas porque la tradición ha conservado narraciones de siglos. La historia relata que Pedro de Valdivia llegó a Catirai en 1550, acompañado de Jerónimo de Alderete y cincuenta jinetes, cruzando el Bío-Bío por Talcamávida. De ahí en adelante siguieron sus otros viajes al sur para fundar la Imperial Antigua y la ciudad de Valdivia. Después, Tucapel, en diciembre de 1553, donde el siguiente año encontró la muerte.
Antonio Gil y Gonzaga pidió al Rey de España el título honorífico de Villa para Santa Juana, el que le fue otorgado en 1765. En enero de 1891 fue creada comuna y su actual Municipalidad fue creada el 13 de enero de 1891. En la Municipalidad de Santa Juana se conserva casi intacto un valioso documento histórico para la ciudad: es el libro de acuerdos (actas) de la primera Municipalidad o Cabildo compuesto por 7 regidores, elegidos por votación directa de los habitantes de sus respectivas “Parroquias”. En los actos electorales de 1852, realizados en los días 16 y 17 de mayo, resultaron electas las siguientes personas: Don José María Avello (Abelló), Don Juan Ancelmo Ríos, Don Celestino Venavente (tex.), Don José Manuel Ulloa, Don Juan José Neira, Don Manuel del Campo y Don Andrés Campos. Todos estos apellidos se conservan en la comuna.
Dice la leyenda que luchas constantes avivaban el odio de las tribus hasta que el amor, que no sabe de barreras, vino a complicar más la situación. Fue el amor entre el hijo preferido del Cacique de los Tralcamahuidas, el apuesto Rayencura –“Flor Poderosa”- y la bella hija del Cacique de los Catirai, Rayenantú –“Flor Dorada”-. Ambos se amaron a pesar de la inquina ancestral y sangrienta que separaba a sus tribus más que el anchuroso Bío-Bío. Por eso se encontraban a escondidas junto a la ribera, siempre temiendo ser sorprendidos, hasta que en una tempestuosa noche de invierno ocurrió la tragedia. La joven Rayenantú desapareció y, al buscarla afanosamente, la vieron en la lejanía nadar por la mitad del río con su amado hacia Talcamávida. Veloces se lanzaron los Catiraies en su persecución disparando flechas sobre los fugitivos.